Komputasi

I. Pendampingan dan Dukungan Teknis Penelitian di Bidang Pemodelan Molekul/Kimia Medisinal Komputasi

 

1. Accomplished Project (Proyek Tuntas Selesai):

a. Konstruksi dan Validasi Penapisan Virtual untuk Penemuan Inhibitor Enzim Siklooksigenase-2 (COX-2)

Klien/Kolaborator: Nunung Yuniarti, M.Si., Apt. (Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada)

Publikasi Ilmiah: http://pdm-mipa.ugm.ac.id/ojs/index.php/ijc/article/view/605/613 (Nasional Terakreditasi) dan http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21572885 (Internasional – Terindeks Pubmed)

b. Konstruksi dan Validasi Penapisan Virtual untuk Penemuan Antagonis Reseptor Estrogen Alpha

Klien/Kolaborator: Yulia Anita, M.Sc. (Pusat Penelitian Kimia – LIPI)

Publikasi Ilmiah: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23144548 (Internasional dan Terindeks Pubmed)

c. Studi in silico metabolisme kurkumin oleh enzim CYP450 3A4

Klien/Kolaborator: Dewi Setyaningsih, M.Sc., Apt. (Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma)

Publikasi Ilmiah: http://mfi.farmasi.ugm.ac.id/files/news/24-2-2-MFI-2012-62_Enade_Perdana.pdf (Internasional dan Terindeks di Index Copernicus)

 

2. On going Project (Proyek Masih Berjalan)

a. PyPLIF (Python-based Protein-Ligand Interaction Fingerprinting – http://code.google.com/p/pyplif/)

Klien/Kolaborator: Nunung Yuniarti, M.Si., Apt. (Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada)

b. Konstruksi dan Validasi Penapisan Virtual untuk Penemuan Ligan untuk Histon Deasetilase 2 (HDAC2)

Klien/Kolaborator: Nunung Yuniarti, M.Si., Apt. (Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada)

 

3. Layanan Cepat Dukungan Teknis Penelitian di Bidang Pemodelan Molekul/Kimia Medisinal Komputasi berupa Penapisan Virtual dengan Metode Tervalidasi

a. Penapisan Virtual pada COX-2 mengacu pada http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21572885 (Internasional – Terindeks Pubmed)

b. Penapisan Virtual pada Reseptor Estrogen Alpha mengacu pada http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23144548 (Internasional dan Terindeks Pubmed)

c. Penapisan Virtual pada HDAC2 (Validasi metode belum dipublikasikan)

 

II. Pembicara/Instruktur Pada Seminar/Workshop di Bidang Pemodelan Molekul/Kimia Medisinal Komputasi.

Kami siap diundang untuk berbagi pengetahuan di bidang Pemodelan Molekul/Kimia Medisinal Komputasi khususnya pada topik-topik: computer-aided drug discovery (penemuan obat berbantukan komputer) secara umum, molecular docking (penambatan molekul), penapisan virtual dan validasinya, quantitative structure-activity relationship (QSAR) atau hubungan kuantitatif struktur-aktivitas. Di luar topik-topik khusus ini kami juga siap melatihkan ketrampilan-ketrampilan dasar penggunaan komputer yang akan dibutuhkan dan membantu riset di Bidang Pemodelan Molekul/Kimia Medisinal Komputasi meliputi antara lain: pengenalan unix/linux, statistika menggunakan R (di Linux), dan visualisasi molekul menggunakan PyMOL.